九阴真经，作为武侠世界中的绝世武学秘籍，历经千年传承，其威力与影响不言而喻。在众多门派中，后期哪个门派更胜一筹，一直是武侠爱好者津津乐道的话题。
在金庸先生的神雕侠侣中，九阴真经被郭靖所得，经他苦心修炼，最终成为一代宗师。此后，九阴真经的影响力逐渐扩大，诸多门派纷纷拜师学艺，希望借此提升自身实力。
其中，峨眉派与桃花岛派在后期对九阴真经的传承与运用上尤为突出。峨眉派作为女性武林中的佼佼者，其掌门人灭绝师太更是深得九阴真经精髓，将峨眉派推向了前所未有的高峰。而桃花岛派，则以黄药师为代表，其独到的武功与深厚的内功修为，使得桃花岛在武林中的地位愈发稳固。
然而，若论后期哪个门派更胜一筹，恐怕还是要数少林寺。少林寺作为武林中的泰山北斗，其弟子众多，武学底蕴深厚。在九阴真经的传承上，少林寺更是不遗余力，将之发扬光大。在倚天屠龙记中，张无忌便是在少林寺习得了九阴真经，成为一代武林传奇。
此外，少林寺在武学理论、内功心法等方面也有独到之处，使得其在后期对九阴真经的传承与运用上更具优势。因此，可以说，少林寺在后期对九阴真经的传承与运用上更胜一筹。
总之，九阴真经作为武侠世界中的绝世武学秘籍，其传承与发展离不开各门派的努力。在后期，少林寺凭借其深厚的武学底蕴和丰富的传承经验，成为了九阴真经的传承者，独占鳌头。